成仏することが出来ずこの世を彷徨う魂達が行きかう幽霊の駅“京都駅地下鉄清水線”。十二番出口近く設置されたコインロッカーに二人の赤ん坊は捨てられていた。一人はホームレスに発見され一命をとりとめるが、もう一人は遺体となって発見された。生き残った“らじお”と幽霊となった“ケン”は兄弟として育てられる。

二十年後、幽霊を成仏させる力を持つケンは幽霊達から絶大な人気を集めるが、自身が成仏できないことに悩んでいた。一方、らじおは弟の死への罪悪感から、生きながら幽霊として生活する日々。他の霊達に見つからないよう、女子トイレの個室でコンビニ弁当を食べている。

そんな中、幽霊達を運ぶ“電車の幽霊”が成仏してしまい、地下鉄清水線は廃線の危機に。ケン達の生活は一変する。女子トイレに現れ続ける幽霊・マリア、幽霊に身体を買われてしまった娼婦・サナエ、成仏できず救いを求めてケンの元へやってくる幽霊達。幽霊の駅を舞台にそれぞれの人生が交差する。取り返しのつかない過去を取り返そうとする幽霊達の物語。